CrystalDiffract 7是一個(gè)獨(dú)立的粉末衍射程序,將最好的繪圖工具與先進(jìn)的模擬、實(shí)時(shí)交互式參數(shù)控制和直觀的測(cè)量相結(jié)合,讓用戶可以通過這款軟件輕松模擬任何晶體的x射線、中子和電子粉末衍射,用戶可以在軟件上實(shí)時(shí)編輯結(jié)構(gòu)、樣品和儀器參數(shù),可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)細(xì)化晶體結(jié)構(gòu),可以通過注釋和預(yù)覽保存完整的衍射實(shí)驗(yàn),除此之外,還有用于背景相減、峰值測(cè)量、相位識(shí)別的新的自動(dòng)化功能,以及快速、簡(jiǎn)單(有效)的Rietveld結(jié)構(gòu)細(xì)化,需要的朋友可以下載體驗(yàn)。
1、Rietveld Refinement。
該程序包括一個(gè)新的 Refine 檢查器,它允許參考起始結(jié)構(gòu)對(duì)觀察到的衍射圖案進(jìn)行智能細(xì)化。該程序可自動(dòng)執(zhí)行細(xì)化設(shè)置,并包括自動(dòng)細(xì)化功能,以及按順序細(xì)化參數(shù)的智能策略。
CrystalDiffract 中的 Rietveld 細(xì)化是一種全新的算法,從頭開始在內(nèi)部開發(fā),可在多核機(jī)器上實(shí)現(xiàn)最佳性能。這不是一些現(xiàn)有的第三方代碼,周圍包裹著一個(gè)花哨的界面!
與我們所有的軟件一樣,該程序包括適用于較舊的英特爾處理器以及較新的 Apple Silicon 的本機(jī)代碼。(據(jù)我們所知,這是同類產(chǎn)品中唯一真正的原生Mac軟件包;所有其他軟件都需要Qt或Java等模擬器。
2、峰值查找器。
該程序可以掃描觀察到的模式并識(shí)別峰的位置、d 間距和相對(duì)強(qiáng)度。
3、背景檢測(cè)。
我們實(shí)現(xiàn)了一種新的自動(dòng)方法來檢測(cè)觀察到的數(shù)據(jù)集的背景。Simulate Inspector 的 Background 組已重新設(shè)計(jì)。
4、Library
添加了一個(gè)集成結(jié)構(gòu)庫(類似于 SingleCrystal 4 中包含的庫),以便用戶可以直接從程序中模擬圖案,而無需加載外部文件。(與 SingleCrystal 不同,用戶可以選擇多個(gè)選項(xiàng)。
5、Phase ID
該程序內(nèi)置了全面的相 ID,使您能夠從衍射圖中輕松識(shí)別未知(但純)的相。
6、高角度 X 射線散射因子。
我們現(xiàn)在使用 Fox 等人 1989 年的數(shù)據(jù)來計(jì)算范圍的高角 X 射線散射因子:2 < sin θ / λ < 6 ?-1。作者使用四階多項(xiàng)式來擬合 ln(fx) 的角度依賴性。它們的系數(shù)列在《國(guó)際晶體學(xué)表(第二版)》C卷的表6.1.1.5中。 不幸的是,它們的結(jié)果對(duì)于Li,Mg,Si,Ni和Zr是完全不正確的。因此,我們?yōu)?He (Z=2) 和 Cf (Z=98) 之間的所有元素生成了自己的擬合,并使用我們的數(shù)字進(jìn)行高角度計(jì)算。
7、電子散射因子。
以前,我們使用莫特方程將 X 射線散射因子轉(zhuǎn)換為電子散射振幅。不幸的是,這種方法在低角度下失敗,因?yàn)槟胤匠虧u近線為無窮大。因此,我們現(xiàn)在在啟動(dòng)時(shí)加載兩個(gè)表(低角度和高角度)。
8、改進(jìn)了檢查器。
具有組圖標(biāo)和現(xiàn)代選項(xiàng)卡設(shè)計(jì)的外觀更簡(jiǎn)潔。現(xiàn)在有三個(gè)選項(xiàng)卡,“顯示”、“模擬”(以前稱為“參數(shù)”)和“優(yōu)化”。
9、改進(jìn)了首選項(xiàng)。
首選項(xiàng)(macOS Ventura 上的“設(shè)置”)面板更寬,布局進(jìn)行了大量更改。請(qǐng)注意,“散射因子”已從單獨(dú)的窗口移至此處。
10、雜項(xiàng)。
通過按住 Option 鍵單擊模式列表復(fù)選框來快速隔離模式。
新的文檔擴(kuò)展名 crdx。
現(xiàn)在,將新圖案拖放到衍射窗格中會(huì)導(dǎo)致在“圖案列表”中選擇該圖案(并取消選擇任何其他圖案)。
CrystalDiffract 7有一個(gè)時(shí)尚的新界面設(shè)計(jì),帶有新的檢查員和動(dòng)畫控件。Mac版本還具有蘋果的集成工具欄外觀和全高側(cè)邊欄。
?Mac版本采用了新的“Ventura”和“Sonoma”外觀,帶有圓形圖標(biāo)和集成工具欄的全高側(cè)邊欄,以最大限度地增加您的工作空間(需要macOS 11“Big Sur”或更高版本;在早期系統(tǒng)上使用更傳統(tǒng)的界面)。
?帶有Add(“+”)和Actions(操作)下拉菜單的新側(cè)邊欄頁腳。
?具有自動(dòng)打開/關(guān)閉功能的動(dòng)畫披露組,以減少混亂。(若要禁用此功能,請(qǐng)?jiān)凇皺z查器”中右鍵單擊以顯示上下文菜單,然后取消選中“自動(dòng)關(guān)閉組”命令。)
?流線型工具欄。下拉菜單和彈出菜單有助于節(jié)省空間;自定義允許擁有較大屏幕的用戶根據(jù)需要添加其他工具。
您可能會(huì)注意到,CrystalDiffract的Gallery窗口中的所有示例都在右側(cè)顯示注釋。這些內(nèi)容旨在提供信息,您可以使用此區(qū)域使用富文本格式記錄有關(guān)您自己的衍射實(shí)驗(yàn)的筆記。
?文檔范圍內(nèi)的注釋(獨(dú)立于模式選擇)。
?使用Inspector分段控件的Notes和Parameters段,在顯示Notes或Parameters Inspector之間切換()。
?編輯有關(guān)衍射實(shí)驗(yàn)的富文本信息(使用“編輯>格式”子菜單訪問字體和樣式命令)。
?通過單擊當(dāng)前選定的檢查器按鈕段來隱藏檢查器窗格(例如,如果顯示了Notes檢查器,請(qǐng)單擊Notes按鈕來隱藏檢查器)
CrystalDiffract 7文檔以新的“.crdx”文件格式保存。這對(duì)所有浮點(diǎn)變量使用全64位精度,改進(jìn)了版本6及更早版本的32位精度。
此文件格式還包括嵌入的預(yù)覽,可以通過用于文件縮略圖和預(yù)覽的嵌入快速查找插件在Gallery窗口和Finder(Mac)中查看(后者除了圖形外還有文檔注釋)
與早期版本不同,CrystalDiffract 7提供了三種模式屏幕工具的選擇。這些可以通過工具按鈕在工具欄中獲得,工具按鈕可以顯示為分段按鈕,也可以顯示為(分離的)彈出窗口,如下所示。
屏幕工具也可以通過“視圖”>“屏幕工具”子菜單訪問
滾動(dòng)工具
默認(rèn)工具Scroll允許通過從左到右單擊并拖動(dòng)圖案來水平滾動(dòng)圖案。也可以通過單擊并向上或向下拖動(dòng)來垂直縮放圖案。
放大工具
放大工具允許縮放區(qū)域(按住shift鍵單擊可縮?。?;也可以使用該工具單擊并拖動(dòng)以定義縮放區(qū)域:這是定義打印范圍的一種快捷方法
箭頭工具
新的箭頭工具提供了一個(gè)半透明的光標(biāo),可以隨鼠標(biāo)移動(dòng),并提供x值和d間距的即時(shí)讀數(shù)。任何選定的圖案也會(huì)測(cè)量其強(qiáng)度。單擊(并釋放鼠標(biāo)按鈕)會(huì)顯示常規(guī)屏幕光標(biāo)。您可以單擊并拖動(dòng)它來測(cè)量所有可見圖案的強(qiáng)度值(再次單擊可隱藏此光標(biāo))。點(diǎn)擊并拖動(dòng)(超過一定距離)會(huì)顯示標(biāo)尺,從而實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)距離測(cè)量
1、將CrystalDiffract安裝到電腦,等待軟件安裝結(jié)束
2、啟動(dòng)軟件提示最近使用的文件、示例、視頻教程、自學(xué)教程、文檔
3、彩色背景示例
在這里,我們有一個(gè)觀察到的中子飛行時(shí)間衍射圖,繪制在彩色背景上。
使用顯示檢查器中的“圖形選項(xiàng)”組
指定背景顏色(或使用透明填充)并設(shè)置網(wǎng)格線。
4、可以點(diǎn)擊User's Guide或者點(diǎn)擊What's New in CrystalDiffract查看教程
編輯和縮放數(shù)據(jù)
CrystalDiffract允許您使用其內(nèi)置的數(shù)據(jù)編輯器手動(dòng)編輯觀察到的模式的數(shù)據(jù)點(diǎn)??梢孕薷闹?、添加新數(shù)據(jù)點(diǎn)或刪除現(xiàn)有數(shù)據(jù)點(diǎn)。
CrystalDiffract還允許您將縮放因子應(yīng)用于整個(gè)圖案,例如,轉(zhuǎn)換x軸單位;或者縮放y軸值,使強(qiáng)度范圍與模擬的強(qiáng)度范圍相匹配。
編輯觀察到的陣列
CrystalDiffract的內(nèi)置數(shù)據(jù)編輯器允許您手動(dòng)編輯觀察到的模式的數(shù)據(jù)值。(這與在程序中創(chuàng)建新模式時(shí)出現(xiàn)的編輯器相同。)
要編輯現(xiàn)有觀察到的圖案,請(qǐng)執(zhí)行以下操作:
1使用“圖案列表”選擇要編輯的衍射圖案。(請(qǐng)注意,一次只能編輯一個(gè)圖案。)
2選擇:編輯>觀測(cè)數(shù)據(jù)。將顯示數(shù)據(jù)編輯器工作表或?qū)υ捒颉?
3使用+和–按鈕添加或刪除數(shù)據(jù)點(diǎn)。單擊x或y值進(jìn)行編輯。(請(qǐng)注意,出于編輯目的,可以通過將行拖放到表中的新位置來重新排列列表。)
4單擊窗口的“確定”按鈕,重新繪制衍射圖案。
刪除數(shù)據(jù)區(qū)域
當(dāng)使用Phase ID或Rietveld Refinement時(shí),有時(shí)可能需要從圖中去除一些觀察到的峰值——通常是如果這些峰值來自雜質(zhì)相。您可以使用標(biāo)尺覆蓋來隔離區(qū)域,并刪除該區(qū)域中的任何數(shù)據(jù)值。
要清除觀察到的圖案的區(qū)域,請(qǐng)執(zhí)行以下操作:
1使用“圖案列表”選擇要編輯的衍射圖案。
2在選擇“箭頭”工具的情況下,單擊區(qū)域的一側(cè)并在該區(qū)域上拖動(dòng),釋放另一側(cè)的鼠標(biāo)。標(biāo)尺顯示時(shí),其垂直光標(biāo)位于區(qū)域的兩側(cè)。
3右鍵單擊標(biāo)尺以顯示其上下文菜單,然后選擇:清除區(qū)域
使用標(biāo)尺清除觀察到的數(shù)據(jù)區(qū)域。左側(cè):區(qū)域已由標(biāo)尺的垂直光標(biāo)定義。右:從標(biāo)尺的上下文菜單中選擇“清除區(qū)域”命令后。
縮放X值
如果需要,可以自動(dòng)縮放觀察到的圖案的所有x值。您可能需要轉(zhuǎn)換單位,或校準(zhǔn)“原始”數(shù)據(jù)值。
示例1:如果你觀察到的飛行時(shí)間中子數(shù)據(jù)是以μs(微秒,1μs=10-6 s)為單位測(cè)量的,并且你想用CrystalDiffract繪制它們,它使用ms(毫秒,1 ms=10-3 s)標(biāo)度,那么你需要應(yīng)用0.001的因子將μs轉(zhuǎn)換為ms。
示例2:如果你觀察到的衍射儀數(shù)據(jù)是以步長(zhǎng)測(cè)量的,并且你想將其轉(zhuǎn)換為°2q,你可以根據(jù)兩個(gè)峰值之間的已知距離和你在屏幕上測(cè)量的距離來計(jì)算比例因子。因此,如果你的兩個(gè)峰值相距28.5°2q,這對(duì)應(yīng)于1200個(gè)x軸單位,你需要應(yīng)用28.5/1200=0.02375的因子將x軸單位轉(zhuǎn)換為°2q。(您可能還需要指定x偏移,這將在本章稍后討論。)
要重新縮放所有x值,請(qǐng)執(zhí)行以下操作:
1使用圖案列表選擇要縮放的圖案。
2選擇:圖案>縮放X值。此時(shí)將顯示圖紙或?qū)υ捒颉?
3輸入要應(yīng)用于x值的比例因子,然后單擊“確定”按鈕重新繪制。
縮放強(qiáng)度值
很可能,你觀察到的強(qiáng)度等級(jí)可能與用于模擬的強(qiáng)度等級(jí)不匹配。沒有理由這樣做:強(qiáng)度總是以任意單位記錄,并取決于所用輻射的強(qiáng)度、樣本大小、探測(cè)器效率和許多其他因素。相比之下,CrystalDiffract的模擬強(qiáng)度都使用了一致的強(qiáng)度等級(jí)——旨在讓您直接比較不同的模擬模式。為了將觀察到的模式與模擬的模式進(jìn)行比較,您可能需要對(duì)觀察到的數(shù)據(jù)應(yīng)用比例因子。這很容易做到,并且可以使用格式檢查器實(shí)時(shí)調(diào)整。
要將縮放因子應(yīng)用于y值,請(qǐng)執(zhí)行以下操作:
1選擇要編輯其數(shù)據(jù)的衍射圖案。
2在“檢查器的格式”選項(xiàng)卡中打開“位置和比例”組。
3設(shè)置“Y比例”復(fù)選框以啟用其編輯字段。4使用滑塊控件或其編輯文本字段調(diào)整Y比例。
請(qǐng)注意,與x軸縮放(如前所述)不同,應(yīng)用y軸縮放因子不會(huì)直接更改觀察到的數(shù)據(jù)值。而是在打印過程中應(yīng)用比例因子。這樣可以更容易地以交互方式“調(diào)整”比例因子
調(diào)整數(shù)據(jù)偏移
您也可以使用“位置和比例”組對(duì)x軸數(shù)據(jù)(可能是為了校正衍射儀中的系統(tǒng)誤差,根據(jù)內(nèi)部標(biāo)準(zhǔn)的使用確定)或y軸數(shù)據(jù)(將“基線”降低到合理的顯示值)進(jìn)行零校正。
要將x或y偏移應(yīng)用于陣列,請(qǐng)執(zhí)行以下操作:
1選擇要編輯其數(shù)據(jù)的衍射圖案。
2打開“格式列表”中的“位置和比例”組。
3調(diào)整“X偏移”或“Y偏移”控件。
更改X軸
從“視圖”菜單更改軸類型時(shí),觀測(cè)到的數(shù)據(jù)將相應(yīng)更新。例如,您可以從將原始數(shù)據(jù)可視化為2q的函數(shù)切換為d-間距或往復(fù)式-d
減去背景
CrystalDiffract提供了兩種定義觀察到的圖案背景的方法:自動(dòng)或手動(dòng)。自動(dòng)背景檢測(cè)CrystalDiffract有一種先進(jìn)的背景檢測(cè)算法,設(shè)計(jì)用于大多數(shù)模式。
要自動(dòng)檢測(cè)背景:
1選擇要?jiǎng)h除其背景的觀察到的圖案。
2導(dǎo)航到“模擬檢查器”中的“背景”組。
3選擇自動(dòng)檢測(cè)選項(xiàng)卡。
4單擊“計(jì)算”按鈕。背景曲線現(xiàn)在將疊加在您觀察到的圖案上
要?jiǎng)h除背景:
選中“減去背景曲線”復(fù)選框。
手動(dòng)背景在自動(dòng)背景檢測(cè)失敗的情況下,或者如果您需要更多的控制,您可以定義自己的背景功能。
要添加背景功能:
1選擇要?jiǎng)h除其背景的觀察到的衍射圖案。
2導(dǎo)航到“模擬檢查器”中的“背景”組。
3選擇手動(dòng)選項(xiàng)卡
4單擊“添加”按鈕。圖形窗格中會(huì)出現(xiàn)一條暗線,帶有兩個(gè)紅色控制點(diǎn),用于編輯背景函數(shù)的形狀。
要編輯背景函數(shù):
1如果背景功能不可見,請(qǐng)確保已選中觀察到的圖案,并且未設(shè)置“減去背景”復(fù)選框。
2在“衍射”窗格中,單擊并拖動(dòng)紅色控制點(diǎn)以彎曲背景函數(shù)
3垂直拖動(dòng)切線控制柄(白色圓圈)以更改坡度。
4拉伸或收縮切線控制柄以更改背景函數(shù)(在控制點(diǎn)處)的曲率半徑。
5要添加更多控制點(diǎn),請(qǐng)單擊“背景”組中的“添加點(diǎn)”按鈕。
6要?jiǎng)h除當(dāng)前選定(活動(dòng))的控制點(diǎn),請(qǐng)單擊“背景”組中的“刪除點(diǎn)”按鈕。
保持簡(jiǎn)單:盡量不要添加太多控制點(diǎn),因?yàn)檫@會(huì)減慢您的編輯和顯示速度。相反,請(qǐng)嘗試充分利用現(xiàn)有的控制點(diǎn),調(diào)整它們的位置、曲率和坡度。對(duì)于大多數(shù)模式,您將需要不超過4-5個(gè)控制點(diǎn)。
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